無論是生活污水還是工業生產污水都含有大量細菌、微生物，難處理降解。通常都用污水處理設備來改善污水排放要求。然而，污水處理設備運行過程中是離不開消毒工藝的。常見的消毒方式有：巴氏消毒、臭氧消毒、化學消毒(消毒水)、次氯酸鈉發生器。

　　1、臭氧消毒

　　臭氧是一種廣譜殺菌劑，能殺死細菌繁殖者和孢子、病毒、真菌等，并能破壞肉毒毒素。臭氧殺菌機理是通過氧化破壞微生物膜的結構，達到殺菌效果。臭氧首先作用于細胞膜，對膜成分造成損害，導致代謝紊亂。臭氧繼續穿透細胞膜，破壞膜脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解和死亡。

　　2、巴氏殺菌法

　　將液體加熱到一定溫度并持續一段時間，以殺死可能引起疾病、變質或不必要損害的發酵微生物的過程。

　　3、化學消毒

　　化學消毒是指對微生物和病原體進行化學消毒，使其蛋白質變性，喪失正常功能而死亡。目前有含氯消毒劑、氧化消毒劑、消毒劑、醛類、雜環氣體消毒劑、酚類消毒劑、酒精類消毒劑、季胺類消毒劑等。

　　4、次氯酸鈉發生器

　　次氯酸鈉發生器是以鹽水為原料，通過電解反應生產次氯酸鈉溶液。主要用于醫院含菌污水處理、電鍍含氰廢水處理，也可用于游泳池、飲用水、生活污水消毒等。